- Kirsi Rautajoki, kerro itsestäsi, miksi Sinusta tuli Sinä?
Tiede on aina kiinnostanut minua, ja minulla on vahva kutsumus hädässä olevien ihmisten ja yhteisöjen auttamiseen. Tutkimus antaa mahdollisuuksia samanaikaisesti sekä ymmärtää sairauksia paremmin että jopa mullistavasti parantaa niistä kärsivien Ihmisten elämää. Tutkimus tarjoaa myös runsaasti älyllisiä haasteita ja sitä tehdään yhdessä toisten asiantuntijoiden kanssa. Nämä ovat ne tärkeimmät syyt, mitkä saivat minut valitsemaan tutkimuksen ja minkä vuoksi aidosti nautin työstäni. Itselleni on aina ollut tärkeää, että tutkimukseni liittyy sairauksiin ja että se voi mahdollisesti hyödyttää potilaita joko suoraan tai myöhemmin tulevaisuudessa.
Toimin myös yliopistonlehtorina, ja noin puolet työstäni on varattu opettamiseen. Opetuksenkin saralla minulle on tärkeää vuorovaikutus opiskelijoiden ja muun henkilökunnan kanssa. Lisäksi olen aina nauttinut siitä, että voin jakaa saamaani tietoa ja osaamista sekä edesauttaa muiden oppimista ja kehittymistä asiantuntijoiksi. Tämä on erityisen palkitsevaa opettaessani niitä asioita, jotka itse koen mielenkiintoisiksi ja tärkeiksi.
- Kerro millaisen tutkijapolun kautta sinä olet päätynyt tutkijaksi?
Lukiossa olin kiinnostunut monista aiheista ja oppiaineista, ja kirjoitusten jälkeen harkitsin myös lääkärin uraa. Tiede vei kuitenkin mukanaan juuri yllä kuvattujen mahdollisuuksien ja vahvuuksien vuoksi. Korkeakoulututkintoni tein Turun yliopistossa. Laaja kiinnostus eri tieteisiin tulee esiin opinnoissanikin, sillä olen valmistunut sekä filosofian maisteriksi biotekniikka pääaineena että valtiotieteiden maisteriksi käytännöllinen filosofia pääaineena. Biotekniikan lopputyön tein professori Riitta Lahesmaan tutkimusryhmässä Turun Biotekniikan keskuksessa, ja ryhdyin tämän pohjalta tekemään myös väitöskirjaani samassa ryhmässä professori Lahesmaan ja dosentti Tuula Nymanin yhteisohjauksessa. Väitöskirjani keskittyi immunologiaan, erityisesti immuunisolujen soluvasteisiin ja erilaistumiseen allergiaan ja astmaan liittyen. Menetelmällisesti se oli proteomiikkatutkimusta, jossa proteiinien tasojen ja muokkauksien muutoksia katsotaan kaikista mitatuista proteiineista samanaikaisesti. Teimme yhteistyötä bioinformaatikkojen kanssa, minkä kautta laskennallinen biologia ja tietokonelaskentaa hyödyntävä tutkimus tulivat tutuiksi. Väiteltyäni filosofian tohtoriksi vuonna 2008 tiesin, että haluan tehdä laskennallista biolääketieteen tutkimusta syöpään, syöpäimmunologiaan tai autoimmuunisairauksiin liittyen. Vietin vuoden äitiyslomalla esikoiseni syntymän jälkeen, muutimme Tampereen seudulle ja hakeuduin vuonna 2009 professori Olli Yli-Harjan Laskennallisen systeemibiologian ryhmään postdoc-tutkijaksi. Ryhmä toimi Tampereen teknillisessä yliopistossa eikä tehnyt siihen aikaan yhtään laboratoriotutkimusta, mutta tekninen osaaminen oli todella vahvaa. Professori Yli-Harjan kautta tutustuin myös professori Wei Zhangiin ja hänen kauttaan intohimooni eli aivokasvaintutkimukseen. Vuonna 2011 muutimme nyt jo kaksilapsisen perheeni voimin Houstoniin, Yhdysvaltoihin, missä aloitin tutkijatohtorina työt professori Zhangin ryhmässä M.D. Andersonin syöpäkeskuksessa. Kyseinen syöpäkeskus on usein valittu Amerikan parhaaksi. Oli sanoinkuvaamattoman hieno kokemus työskennellä tässä upeassa paikassa, jossa uraauurtavaa tutkimusta tehdään samassa rakennuksessa rinta rinnan parhaan mahdollisen syöpäpotilashoidon kanssa. Tämän kauden aikana minusta tuli aivokasvaintutkija ja sain varmuuden siitä, että tähän haluan loppuelämäni panostaa. Palattuani Tampereelle olen pääasiassa toiminut omalla rahoituksella tai yliopiston toimessa ja tehnyt aivokasvaintutkimusta, jossa biolääketieteen laboratoriotutkimusta ja genomiikan lähestymistapoja yhdistetään laskennalliseen biologiaan. Olen saanut monia hyviä yhteistyösuhteita näiden vuosien aikana, joista erityisesti haluan kiitollisena mainita kliinisten tutkijoiden ja lääkäreiden kanssa tehtävän yhteistyön, joka luo pohjan korkeatasoiselle, potilaiden kannalta merkitykselle tutkimukselle. Vuoteen 2020 asti toimin tutkijana professori Matti Nykterin laskennallisen biologian ryhmässä, mikä on antanut erinomaiset mahdollisuudet kasvaa laskennallisen biologian asiantuntijaksi juuri syöpätutkimuksen alalla. Olen myös aktiivisesti pyrkinyt tuomaan aivokasvaintutkijoita ja -asiantuntijoita yhteen Suomen aivokasvaintutkimuksen yhdistyksen (Finnish Brain Tumor Research Association, FiBTRA) kautta. Olen yhdistyksen perustajajäsen, toiminut jo kohta 10 vuotta sen puheenjohtajana ja järjestänyt useita tieteellisiä kokouksia osana sen toimintaa.
-
Geenin inaktivaatio alkionkehityksen aikaisessa vaiheessa johtaa epätyypillisen teratoidi rhabdoidi kasvaimen (AT/RT) syntyyn. Kasvaimen kehittymiselle on tietty aikaikkuna; jos inaktivoiva mutaatio tapahtuu liian aikaisin, sikiö ei ole elinvoimainen ja jos se taas tapahtuu jo erilaistuneissa soluissa, seurauksena ei ole AT/RT. Kun mutaatio tapahtuu keskushermoston kantasoluissa, geenisäätely häiriintyy ja soluerilaistuminen pysähtyy, mitkä yhdessä johtavat solujen pahanlaatuistumiseen. AT/RT kasvaimet voidaan jakaa kolmeen alaryhmään (SHH, MYC ja TYR), jotka eroavat toisistaan. Esiasteen solutyyppejä on monenlaisia, ja solutyypin, jossa geneettinen muutos tapahtuu, ajatellaan vaikuttavan siihen, mitä AT/RT-alaryhmää kasvain edustaa. Kuva: FM Laura Huhtala, luotu käyttäen Biorender.com.
Mikä sai sinut kiinnostumaan juuri aivokasvainten tutkimuksesta?
Tutustuin aihepiiriin professori Wei Zhangin kautta. Alussa keskityin aikuisten glioblastoomatutkimukseen. Glioblastoomakasvaimet ovat erittäin aggressiivisia eivätkä ne juurikaan reagoi hoitoihin. Potilaiden ennuste on huono ja kasvainten sijainti aivoissa aiheuttaa ongelmia, mikä lisää painetta parempien hoitomuotojen löytämiseen. Sittemmin olen tutustunut myös muihin kymmenistä eri aivokasvaimista, ja osassa tutkimushankkeita analysoimme näitä kaikkia yhdessä. Aivokasvaimia esiintyy kaikenikäisillä vauvasta vaariin ja osa niistä on surullisen aggressiivisia. Tieteellisesti niistä tekee mielenkiintoisen myös niiden sijainti aivoissa, joka on monessa mielessä erityislaatuinen ja kiehtova elin. Pääasiassa teemme tutkimusta glioblastoomaan, IDH-mutantteihin kasvaimiin ja epätyypillisiin teratoid-rhabdoidi kasvaimiin (atypical teratoid/rhabdoid tumor, AT/RT) liittyen. AT/RT:t todetaan tyypillisesti vauvoilla tai taaperoikäisillä, ja ne johtavat usein lyhyehkön ajan sisällä potilaan kuolemaan. AT/RT:n kohdalla koen tämän tarpeen erittäin vahvana. On äärimmäisen tärkeää löytää toimivia hoitomuotoja näille elämän ensiaskelia ottaville potilaille.
- Millainen tutkimusryhmä sinulla on johdettavana ja tutkimustyön keskeiset tavoitteet ja saavutukset?
Johdan Syövän säätely ja immunologia -tutkimusryhmää, joka koostuu upeasta 11 hengen kansainvälisestä tiimistä sekä ryhmässä työskentelevistä opiskelijoista. Tutkijat tekevät vaihtelevasti laskennallista tai kokeellista tutkimusta tai molempia, ja käytännössä kaikkia projekteja tehdään monitieteellisissä tiimeissä. Tutkimme erityisesti vääristynyttä geenisäätelyä, joka on avainasemassa, kun haluamme ymmärtää miten solut pahanlaatuistuvat, miten syöpäsolut reagoivat hoitoihin ja miten puolustusjärjestelmä on lamaannutettu kasvainkudoksessa. Projektista riippuen, tutkimme asiaa solujen välisen vuorovaikutuksen, kromatiinin säätelyn (eli epigenetiikan) tai soluerilaistumisen näkökulmasta. Epigeneettinen ja yleensäkin vääristynyt säätely on tärkeää keskushermostokasvaimille ja ne voidaan myös tarkasti diagnosoida yksinomaan epigeneettisten piirteiden perusteella, jota olemme myös osaltamme kehittäneet. Olemme myös osoittaneet, miten AT/RT-kasvaimissa vääristynyt geenisäätely johtaa soluerilaistumisen jumiutumiseen ja solujen pahanlaatuistumiseen. Parhaillaan tutkimme tarkemmin, mitkä muutokset tämän saavat aikaan ja miten saamamme tiedon perusteella potilaita kannattaa hoitaa. Käytämme erilaisia yksisolu- ja spatiaalisia (alkuperäisen sijaintitiedon säilyttäviä) mittausmenetelmiä solusäätelyn ja solujen välisen vuorovaikutuksen selvittämiseen. Tämän pohjalta olemme esimerkiksi pystyneet näyttämään, miten hapenpuute muuttaa glioblastoomakasvainten immuunisoluosuuksia ja immuunisolujen toimintaa, ja näin ehkäisee puolustusjärjestelmää toimintaa. Olemme myös selvittäneet perinnöllistä aivokasvainriskiä sekä osoittaneet, mikä johtaa IDH-mutanttien aivokasvainten pahanlaatuistumiseen hoidon jälkeen.
- Mitkä asiat koet merkittävimpinä haasteina tutkimuksen teossa?
Tutkimus on haastavaa monessa mielessä, mikä myös osittain tekee siitä niin mielenkiintoista. Tämän hetken haasteiksi haluan nostaa kaksi asiaa ylitse muiden. Toinen haaste liittyy siihen, miten Suomen lyhytjänteisessä rahoituskentässä voi tasapainoilla tutkimuksen ja tutkimuslinjojen pitkäjänteisyyden kanssa. Korkeatasoinen tutkimus vaatii resursseja sekä pitkäjänteistä sitoutumista ja työtä kunkin projektin eteen. Suomessa säätiöillä on tärkeä ja arvokas rooli tutkimuksen mahdollistajina. Toinen haaste liittyy lainsäädäntöön ja tämän hetken lupa-asioiden hallintaan, jotka ovat hankaloittaneet ja hidastaneet tutkimusta sekä lisänneet merkittävästi kustannuksia. Säätely on tärkeää, mutta tällä hetkellä laintekstiä joko tulkitaan varmuuden vuoksi kaikista tiukimman näkökulman kautta tai sitä ei edes uskalleta tulkita. Olisi ensiarvoisen tärkeää luoda periaatteita ja käytänteitä, jotka suojaavat vahvasti potilaita ja heidän tietojaan mutta mahdollistavat myös lääketieteellisen tutkimuksen, jota heidän vuokseen tehdään.
- Jos saisit toivoa kolmea asiaa, niin mitä ne olisivat?
Toivon, että jopa aggressiiviset aivokasvaimet pystytään hoitamaan tehokkaasti, suoraviivaisesti ja potilaan hyvinvointia tukien. Tähän pääsemiseksi toivon, että korkeatasoiselle tutkimukselle annetaan riittävästi resursseja, tieteetekijöiden yhteistyötä tiivistetään, jotta resurssit voidaan käyttää mahdollisimman tehokkaasti, ja että uudet tehokkaat ja turvalliset hoitomuodot saadaan otettua nopeammin ja ilman kohtuuttomia kustannuksia hyötykäyttöön.